Shinichi Kudo è un brillante giovane detective, sempre sulla pista giusta per acciuffare i criminali. Una notte pero', cade vittima dei suoi aggressori che tentano di avvelenarlo con un potente e esperimentale ritrovato chimico. Per fortuna l'effetto del veleno non è letale, ma di certo ha un effetto molto stravagante sul giovane detective: lo trasforma in un bambino!!! L'unico modo per tornare normale è ritrovare gli artefici del fattaccio e sperare di trovare l'antidoto.
Shinichi Kudo prende cosi' le sembianze di Conan e chiede aiuto al Professore che lo doterà di sofisticate apparecchiature che gli permetteranno di scovare i criminali e far trionfare la giustizia. Solo indagando per tutto il mondo, Conan riuscirà a ritrovare i malfattori che lo hanno trasformato cosi'!
Conan, pur tornando bambino, non perde di certo la memeoria e riconosce tutti i suoi amici e in special modo la bella Ran, che non si spiega la brusca scomparsa di Shinichi Kudo. Ella cercherà sempre di ritrovarlo e aspetterà sempre il suo ritorno, dimostrando al piccolo Conan quanto ne era segretamente innamorata! Ci saranno delle occasioni in cui Conan, per smascherare gli impostori, dovrà "far tornare Shinichi Kudo", in penombra, da lontano, alimentando sempre di più le speranze di Ran.